Настой скорлупы кедровых орехов оказывает вяжущее, обезболивающее, противовоспалительное действие. В народной медицине настой из скорлупы кедровых орехов пьют от глухоты, геморроя, неврозов, болезней почек (например, мочекаменной болезни), печени; наружно используют в качестве депиляционного средства. В литературе встречаются рекомендации к применению настоя скорлупы кедровых орехов наружно для растирания «при простуде, ломоте в теле, ревматизме, подагре, болях в суставах», внутрь для поднятия тонуса и восстановления нормального функционирования органов желудочно-кишечного тракта. Употребление отвара рекомендуется при заболеваниях крови, а также для рассасывания солей при артритах, отложении солей, остеохондрозах. Ванны с отваром скорлупы кедровых орехов рекомендуются «при ревматизме, артритах, подагре, люмбаго». Примочки и обёртывания рекомендуются при ожогах и кожных болезнях, таких как лишай, гнойничковые поражения, экзема. Полоскания используются при воспалении слизистых оболочек полости рта. Отвар скорлупы обладает красящими свойствами и может использоваться для придания волосам каштанового оттенка.
Кедровые орехи издревле широко применяются в народной медицине, а рекомендации к их лечебному применению аналогичны рекомендациям по употреблению орешков европейской и итальянской кедровых сосен, данным ещё Авиценной,Амасиаци, Бируни, и др. (см. Сосна итальянская). Народная медицина советует употребление толчёных орехов с мёдом при заболеваниях желудочно-кишечного тракта: гастритах, бульбитах, хроническом панкреатите, язве желудка и двенадцатиперстной кишки; при этих же проблемах употребляется и полученное прессованием кедровое масло.
Кедровые орехи рекомендуются для повышения иммунитета и восстановления сил, при авитаминозе и потере веса. В Сибири кедровые семена употребляют для профилактики и лечения сердечно-сосудистых заболеваний, а также как источник йода (профилактическое средство при эндемичном зобе). У местного населения популярна спиртовая настойка из семян кедровой сосны.