L'apraclonidine est un agoniste alpha-2-adrénergique relativement sélectif sans activité stabilisante de membrane significative (anesthésique local).
Après instillation dans l'il, l'apraclonidine entraîne une réduction de la pression intra-oculaire.
L'apraclonidine en solution ophtalmique a peu d'effet sur les paramètres cardiovasculaires.
Les études de fluorophotométrie chez l'homme suggèrent que le mécanisme d'action de l'effet hypotensif oculaire de l'apraclonidine est lié à une réduction de la formation de l'humeur aqueuse.