В корнях растения содержится алкалоид берберин, который ядовит в больших количествах, но при правильном применении полезен.
Экстракт корня магонии падуболистной нейтрализует действие свободных радикалов, препятствуя их разрушительному воздействию на стенки миокарда, помогает справиться с возрастными болезнями, защищает легочную и соединительную ткани, активизирует иммунную систему, используется как желчегонное средство при гепатите, гепатохолецистите, отеках, подагре.
Экстракт корня магонии падуболистной улучшает циркуляцию крови и укрепляет стенки капилляров, обладает антиоксидантным свойством, действует до 15 раз активнее витамина Е. Стимулирует функцию желчного пузыря, используется при гастритах и общих заболеваниях пищеварительного тракта, снижает вероятность запоров.
Индейцы Северной Америки и европейские переселенцы использовали корни для приготовления тонизирующего лечебного чая. Горькую микстуру из корней магонии падуболистной коренные жители Калифорнии применяют для повышения аппетита и при общей слабости в качестве очистителя (наружно и внутренне) и тоника.
Листья магонии падуболистной обладают очень мощным антипаразитарным и антибактериальным действием. Препараты, приготовленные на основемагонии, в настоящее время используют для лечения ряда заболеваний, включая псориаз, угревую сыпь, экзему, герпес, и пр.