La résorption transcutanée, par la peau saine est négligeable, même chez le nouveau-né.
Risque d'allergie locale, se manifestant généralement par un eczéma de contact, notamment en cas d'utilisation sur:
la peau lésée,
les muqueuses,
les ulcérations des membres inférieurs avec possibilité d'aggravation d'une lésion surinfectée lors d'utilisation prolongée.
Risque d'allergie générale pouvant aller (rarement) jusqu'au choc anaphylactique.
Usage externe exclusif.
Bien que la résorption transcutanée de la chlorhexidine soit très faible, le risque d'effets systémiques ne peut être exclu. Ils sont d'autant plus à redouter que l'antiseptique est utilisé sur une grande surface, sous pansements occlusifs, sur une peau lésée (notamment brûlée) une muqueuse, une peau de prématuré ou de nourrisson, (en raison du rapport surface/poids et de l'effet d'occlusion des couches au niveau du siège).
Dès l'ouverture du conditionnement d'une préparation à visée antiseptique, une contamination microbienne est possible. Toutefois, la présentation en flacon pulvérisateur peut réduire ce risque.