При одновременном применении секнидазола с антикоагулянтами (производные кумарина или индандиона) действие последних может усиливаться, поэтому следует периодически контролировать протромбиновое время и при необходимости корректировать дозы антикоагулянтов.
При одновременном применении секнидазола с дисульфирамом возможно развитие паранойяльных реакций и психоза; с этанолом - возможно развитие эффектов, сходных с действием дисульфирама (спазмы в животе, тошнота, рвота, головная боль, внезапный прилив крови к лицу).
Не рекомендуется сочетать с недеполяризующими миорелаксантами (векурония бромид).
При одновременном приеме с препаратами лития секнидазол повышает его концентрацию в плазме.
При сочетании с амоксициллином увеличивается активность в отношении Helicobacter pylori (амоксициллин подавляет развитие резистентности).