Трава иссопа лекарственного обладает антисептическим, противовоспалительным, обезболивающим, ранозаживляющим, легким возбуждающим, противокашлевым действием, а также способствует уменьшению чрезмерного выделения пота. Препараты надземной части растения применяются для уменьшения потоотделения, особенно у больных туберкулезом легких и у женщин в климактерический период, при хронических воспалительных заболеваниях желудочно-кишечного тракта, а также в виде полосканий. Кетон, содержащийся в эфирном масле, используется для лечения хронического бронхита, кашля, бронхиальной астмы и катара верхних дыхательных путей. Настой травы также применяют в виде полосканий при воспалительных процессах в полости рта и глотки.