Корневища альпинии лекарственной применяют при хроническом энтерите (воспалении тонкой кишки), при расстройстве пищеварения, болях в области желудка, оно способствует газоотделению, предотвращает рецидивы при хронических заболеваниях внутренних органов, стимулирует слюноотделение, повышает функциональную активность желудка. Корневище также используется при истощении, отсутствии аппетита, головных болях, сопровождающихся обмороками, ипохондрии и морской болезни.