Корневища кубышки желтой содержат алкалоиды, которые обладают сперматоцидным и антитрихомонадным действием. Из алкалоидов кубышки желтой изготовлен аптечный препарат «Лютенурин», который используют при острых и хронических трихомонадных заболеваниях. Кроме того, используя химический состав кубышки желтой, изготавливают противозачаточные средства.
Препараты из экстрактов кубышки желтой, при местном применении, используют для лечения заболеваний слизистых оболочек и кожи, вызванных грамположительными микроорганизмами и патогенными грибками. Кубышка желтая также применяется в составе сбора трав, используемого при лечении некоторых злокачественных опухолей.
Корневища кубышки желтой содержат алкалоиды группы нуфарина, которые уничтожают штаммы трихомонады, кандиды и прочих вредоносных агентов. Это позволяет применять это растение людям, страдающим иммунодефицитом, перенесшим операции по трансплантации органов и после проведения химиотерапии.