Используется как антибактериальное и антигельминтное средство. В народной медицине используется при тахикардии, головокружении, головной боли, заболеваниях органов желудочно-кишечного тракта, цистите, метеоризме, рините, острых респираторных инфекциях. Водный экстракт обладает инсектицидной активностью. Эфирное масло приносит пользу при заболеваниях желудка. Карвакрол, извлекаемый из чабера имеет антифунгальную (противогрибковую) активность.
Эфирное масло чабера применяется в ароматерапии. Согласно научным исследованиям, масло чабера проявляет активные антиоксидантные свойства, повышает концентрацию полезных полиненасыщенных жирных кислот в мозге и уменьшает риск развития онкологических заболеваний у животных